O Secretariado Executivo é o principal órgão executivo da CPLP e tem a competência de:
- Implementar as decisões da Conferência de Chefes de Estado e de Governo, do Conselho de Ministros dos Negócios Estrangeiros e do Comité de Concertação Permanente;
- Planificar e assegurar a execução dos programas da CPLP;
- Organizar e participar nas reuniões dos vários órgãos da CPLP;
- Acompanhar a execução das decisões das Reuniões Ministeriais e demais iniciativas no âmbito da CPLP.
O Secretariado Executivo é dirigido pelo Secretário Executivo. O Secretário Executivo é uma alta personalidade de um dos Estados-Membros da CPLP, eleito para um mandato de dois anos, mediante candidatura apresentada rotativamente pelos Estados-Membros, por ordem alfabética crescente. No final do mandato, o Estado-Membro cujo representante nacional ocupa o cargo de Secretário Executivo tem a possibilidade de apresentar a sua recandidatura, por mais um mandato de dois anos.
O Secretário Executivo é auxiliado nas suas funções pelo Diretor-Geral. Os Estatutos (revisões de São Tomé/2001, Brasília/2002, Luanda/2005 e Bissau/2006) fixam, desde a Cimeira de Bissau, a existência de um Diretor-Geral, sendo que o cargo de Secretário Executivo Adjunto cessou com a sua nomeação.
O Diretor-Geral é recrutado entre os cidadãos nacionais dos Estados-Membros, mediante concurso público, pelo prazo de 3 anos, renovável por igual período. O Diretor-Geral é o responsável, sob a orientação do Secretário Executivo, pela gestão corrente, planeamento e execução financeira, preparação, coordenação e orientação das reuniões e projetos ativados pelo Secretariado Executivo.